My OperaMacClade und Mesquite
Wednesday, September 14, 2011 9:55:53 AM
Für die Erstellung phylogenetischer Stammbäume (Cladogramme) steht heute eine Vielzahl brauchbarer Computerprogramme zur Verfügung, wie z.B. PAUP (Swofford 1993/1999) oder PHYLIP (Felsenstein 1993).
Diesen Computerprogrammen liegt das mathematisch-methodische Prinzip der “maximum parsimony” (der grössten Sparsamkeit - MP -) zugrunde, das heisst, dass derjenige Stammbaum für die wahrscheinlichste Variante angesehen wird, die mit der geringsten Anzahl evolutiver Schritte auskommt. Als Ausgangsmaterial können molekulargenetische, proteinchemische,morphologische oder phänologische Datensätze benutzt werden, die zuvor in ein standardisiertes Format überführt werden müssen. Dieses NEXUS-Format wurde durch die Zusammenarbeit zweier Software-Projekte und deren Autoren David L. Swofford und den Brüdern David R. und Wayne P. Maddison 1987 begründet. Die beiden letztgenannten Autoren haben sich durch die Entwicklung der MP-Analyse-Werkzeuge MacClade und Mesquite verdient gemacht.
Und nun die gute Nachricht:
“Apple is dropping support for older programs like MacClade in the next version of their operating system, MacOS 10.7 (codenamed "Lion"), which was released today, 20 July 2011.” Deshalb kann nun die Version 4.08 von MacClade kostenfrei von der Website der Entwickler heruntergeladen werden ( vorher ca. 250 US$). Das Programm kommt mit einem sehr instruktiven Manual, das als ein Handbuch der Kladistik betrachtet werden kann; u.a. analysiert das Tool Parsimonitäten nach nach Fitch, Wagner, Camin-Sokal, Fisher und Dollo. Die Exportfunktion umfasst zugleich die Umwandlung in die Input-Formate anderer Kladistik-Programme.
Zusammen mit dem Programm Mesquite derselben Autoren, welches sich durch seinen modularen Aufbau und die diversen Möglichkeiten der Verfolgung und Rekonstruktion der sog. “ancestral states” beobachteter Merkmale auszeichnet, sind dem Evolutionsbiologen zwei vorzügliche computergestützte Analysewerkzeuge in die Hand gegeben, die auf Mac OS X Snow Leopard laufen. Beide Programme sind mit umfangreichem Übungs- und Tutorialmaterial ausgestattet, welches das Erlernen der Funktionen in kurzer Zeit ermöglicht.
Quellen:
Maddison, D. R. and W. P. Maddison, 2005. MacClade 4: Analysis of phylogeny and character evolution. Version 4.08a. http://macclade.org.
Maddison, W. P. and D.R. Maddison. 2010. Mesquite: a modular system for evolutionary analysis. Version 2.73 http://mesquiteproject.org
Diesen Computerprogrammen liegt das mathematisch-methodische Prinzip der “maximum parsimony” (der grössten Sparsamkeit - MP -) zugrunde, das heisst, dass derjenige Stammbaum für die wahrscheinlichste Variante angesehen wird, die mit der geringsten Anzahl evolutiver Schritte auskommt. Als Ausgangsmaterial können molekulargenetische, proteinchemische,morphologische oder phänologische Datensätze benutzt werden, die zuvor in ein standardisiertes Format überführt werden müssen. Dieses NEXUS-Format wurde durch die Zusammenarbeit zweier Software-Projekte und deren Autoren David L. Swofford und den Brüdern David R. und Wayne P. Maddison 1987 begründet. Die beiden letztgenannten Autoren haben sich durch die Entwicklung der MP-Analyse-Werkzeuge MacClade und Mesquite verdient gemacht.
Und nun die gute Nachricht:
“Apple is dropping support for older programs like MacClade in the next version of their operating system, MacOS 10.7 (codenamed "Lion"), which was released today, 20 July 2011.” Deshalb kann nun die Version 4.08 von MacClade kostenfrei von der Website der Entwickler heruntergeladen werden ( vorher ca. 250 US$). Das Programm kommt mit einem sehr instruktiven Manual, das als ein Handbuch der Kladistik betrachtet werden kann; u.a. analysiert das Tool Parsimonitäten nach nach Fitch, Wagner, Camin-Sokal, Fisher und Dollo. Die Exportfunktion umfasst zugleich die Umwandlung in die Input-Formate anderer Kladistik-Programme.
Zusammen mit dem Programm Mesquite derselben Autoren, welches sich durch seinen modularen Aufbau und die diversen Möglichkeiten der Verfolgung und Rekonstruktion der sog. “ancestral states” beobachteter Merkmale auszeichnet, sind dem Evolutionsbiologen zwei vorzügliche computergestützte Analysewerkzeuge in die Hand gegeben, die auf Mac OS X Snow Leopard laufen. Beide Programme sind mit umfangreichem Übungs- und Tutorialmaterial ausgestattet, welches das Erlernen der Funktionen in kurzer Zeit ermöglicht.
Quellen:
Maddison, D. R. and W. P. Maddison, 2005. MacClade 4: Analysis of phylogeny and character evolution. Version 4.08a. http://macclade.org.
Maddison, W. P. and D.R. Maddison. 2010. Mesquite: a modular system for evolutionary analysis. Version 2.73 http://mesquiteproject.org
