Blog is dead

Un blog sin línea editorial

Subscribe to RSS feed

Regresión logística para seres humanos

, , ,

Si es un estudiante que lo obligan sus profesores a una persona que acostumbra leer papers científicos, seguramente ya se ha topado con el análisis estadístico "de moda"; la regresión logística. Interpretar los resultados puede ser bastante intuitivo, pero vamos a ver que existen ciertos detalles que son críticos respecto a la validez de lo que estamos leyendo.
Entonces, ¿qué es la regresión logística? Es un tipo de análisis para estudios analíticos que nos muestra la relación entre distintas variables explicativas (o independientes) y una variable dependiente. El ejemplo clásico es para estudios de factores de riesgo, donde se puden estudiar las enfermedades desde su origen multifactorial, viendo como se correlacionan los distintos factores entre sí y con la enfermedad.

¿Cómo se interpreta? Los resultados se obtienen en relación a las variables explicativas o "factores". En general, se entrega un valor de

- odds ratio, o la probabilidad que un evento suceda (número de veces) si un individuo está expuesto a un factor en relación a uno que no está expuesto a ese factor

- p - value; es decir, la probabilidad que los resultados se hayan obtenido producto del azar

- coeficiente de correlación de Pearson (r²), o la fuerza de asociación entre las variables y puede ir entre -1 (correlación negativa), 0 (sin correlación) ó +1 (correlación positiva)


¿Cómo se si los resultados son válidos? Obviamente para un análisis de este tipo no basta solo apretar el botón "ejecutar" del software estadístico. A grandes rasgos, se debe cumplir con las siguienes condiciones o "assumptions":

- Tamaño de la muestra: Se requiere, como mínimo, de 10 eventos por cada variable explicativa (EPV). Para 25 o más variables se requieren 15 EPV. Por ejemplo, si estudiaremos 7 posibles factores de riesgo para carcinoma mucoepidermoide, requeriremos un n = 140 (70 casos y 70 controles).

- Correlación entre las variables: Una fuerte correlación entre las variables explicativas disminuye dramáticamente la potencia del estudio. Por ejemplo, si investigamos como influye el tabaco y el consumo de cafeína en el desarrollo de cáncer oral podríamos esperar una fuerte correlación entre consumo de tabaco y café. En general, valores de r² = 0,7 ó -0,7 se consideran altos.

- Las variables deben ser dicotómicas, tanto las variables explicativas como la variable dependiente.

- Cumplir con el principio de independencia en las observaciones


Resumiendo, si el estudio que leemos presenta más de 10 EPV, correlaciones r² < 0,7 y OR altos tenemos asegurada una buena potencia estadística

Conociendo esto, vamos a ver que muchos estudios no cumplen con estas condiciones. Como es la "novedad", es esperable ver un abuso por parte de los investigadores. Por ejemplo, realizar un estudio con 1 EVP y no cumplir con el principio de independencia en las observaciones, o hablar de asociación en un estudio que debió ser de prevalencia.


Nota: El título puede leerse como algo "agrandado", pero solo es un juego de palabras con el lema de Ubuntu bigsmile



Referencias:

- Courvoisier, D.S. et al., 2011. Performance of logistic regression modeling: beyond the number of events per variable, the role of data structure. Journal of Clinical Epidemiology. Available at: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0895435610004245

- Hosmer, D.W. & Lemeshow, S., 2000. Applied Logistic Regression, Second Edition. John Wiley and Sons, 373 p.

Sesgos en estudios biomédicos; la unidad de análisis

, , ,

Actualmente me encuentro redactando y preparando para publicar una serie de estudios que, junto a mi compañero, hemos realizado acerca de una complicación inflamatoria-infecciosa que puede ocurrir luego de una extracción dental; la alveolitis. Uno de estos papers es una revisión sistemática de la literatura publicada hasta la fecha sobre los factores de riesgo asociados a esta complicación, donde hemos encontrado estudios muy malos, y el principal criterio de exclusión aplicado fue haber analizado dientes y no personas.

Este sesgo lo he observado repetidamente en mi área, que es la odontología, pero sin duda que puede darse en otras disciplinas.

¿Qué quiero decir con esto?, supongamos que queremos estudiar la incidencia de complicaciones post-exodoncia con 100 individuos. A ellos se le realizan 160 extracciones en total y se producen 9 complicaciones en 7 personas.

100 individuos: 7 complicaciones = 7%
160 exodoncias: 9 complicaciones = 5,6%

¿Es correcto decir que hubo un 5,6% de complicaciones? Claro que no, estaríamos asumiendo que cada extracción realizada se comportará independientemente, pero en realidad es la misma persona sometida a exactamente los mismos factores. Lo que acá ocurrió, es que de 100 personas, en 7 ocurrió una complicación. En este caso estamos subestimando la incidencia de una complicación. ¿O los estudios epidemiológicos en oncología cuentan "cánceres"?

Este principio de independencia estadística en las observaciones se puede ver aun más afectado en estudios analíticos. Parthasarathi et al. (2011) analizaron múltiples factores asociados al desarrollo de alveolitis posterior a exodoncias, sin embargo, su unidad de estudio fueron la cantidad de exodoncias/alveolitis. ¿Acaso el tabaco, medicamentos o higiene oral afectarán a unos alveolos y a otros no dentro de la misma persona?. Como se puede deducir, estos resultados no sirven para nada (nótese que fue publicado en la revista de mayor impacto en cirugía oral y maxilofacial).

Así que ya sabe, si lee un paper y no cumple el principio básico de independencia estadística en las mediciones, mi consejo es que no lo siga leyendo bigsmile

*Arriba se observa un molar fuera de su alvéolo; curiosamente la imágen más utilizada para representar la odontología.

Referencia adicional:
Tom L. Twenty statistical error even YOU can find in biomedical research articles. Croat Med J. 2004;45:361–70. Avaiable at http://www.cmj.hr/2004/45/4/15311405.pdf

Integrar la barra de titulo de Opera a Gnome; dejarlo "como en Windows"

, , , ...

Jugando con Ubuntu logré darle una utilidad al espacio vacio del panel superior. Además, me parecía un poco exasperante el desperdicio de espacio de la barra de título v/s su real utilidad cuando una ventana esta maximizada.

Y lo que logré fue esto;



Ojo que se integra la barra de todas las aplicaciones, no solo de Opera up



Nótese la integración de la barra de menú al panel de Gnome bigsmile. Esto no sucede con todas las aplicaciones por ahora (solo las Gtk). En este caso pueden ver a emesene:



Los applets que utilicé fueron:

- Window Applets 0.2.4 = integrar los botones de acción al panel cuando se maximiza la ventana. También se puede configurar para que estén ahí en todo momento, aplicar temas, etc. Acá se puden descargar los temas Ambiance y Radiance (los que trae Ubuntu por defecto)

- Maximus = No es un applet para el panel de Gnome, pero es el encargado de esconder la barra de título cuando se maximiza una ventana. Sencillamente instalar desde los repositorios y agregarlo para que se ejecute al inicio como "maximus -m".

- Global Menu 0.7.9 = Para el menú global, es decir, integrar la barra de menú al panel.


Lo bueno de usar software OpenSource es que puedes dejar las cosas donde te de la imaginación y adaptarlo a tu propio espacio bigsmile. Pudes mover los botones, barras, aplicar themes, etc.

La última pregunta, de Isaac Asimov

, ,

No me canso de leer este cuento clásico que por casualidad me topé una vez en mi Liceo, hace varios años (...). Más allá de detalles retóricos (tomando en cuenta que es solo una traducción) me impresiona la visión, la genialidad y hasta la espiritualidad que transforaron a "La última pregunta" en mi obra favorita. Aún recuerdo la primera vez que lo terminé de leer y se me escapó una carcajada literaria, llena de satisfacción y agradecimiento.

En sus días los digité a "word", lo guardé varios años y ahora lo tengo en PDF como las miles de copias que hay en internet xD. Así que lo dejo para que cualquier navegante perdido que esté leyendo esto, se obsequie 10 minutos de su vida.

Pueden descargarlo aquí.

Saludos wink

HOWTO - Drivers de Video ATI Catalyst 10.11 en OpenSUSE 11.3

, , , ...

ATI ha liberado su última versión de drivers VGA para GNU/Linux, y como curioso que soy, quize instalarlos inmediatamente. Ello me hizo cometer algunos errores por apurarme que me dejaron sin GUI un buen rato no , así que comparto los pasos "positivos" para que no te ocurra a tí.

1. Primero descargas el archivo único, tanto para 32 como 64 bits desde la página oficial de ATI AMD. Recuerda el directorio donde lo guardaste, en mi caso /home/user/Documentos/ati-driver-installer-10-11-x86.x86_64.run

2. Luego, y recuerda que este paso es importantísimo, eliminas cualquier driver anterior de ATI. Para ello ingresas en una terminal;

su -
cd /usr/share/ati
sh ./fglrx-uninstall.sh
rpm -e $(rpm -qa | grep fglrx)

Anota los pasos a continuación, ya que al reiniciar no cargará KDE u otro entorno gráfico. Escribe

reboot

para reiniciar

3. Cuando inicie, te logueas con tu user y pasword y escribes

cd /home/user/Documentos/
su -
sh ./ati-driver-installer-10-11-x86.x86_64.run

Se iniciará un asistente, seleccionas obviamente "Install Driver on X.Org" y continuas hasta que finalice el asistente. Cuando esto ocurra escribes

aticonfig --initial -f
reboot



Y listo, están instalados los drivers sin mayores dolores de cabeza yes

Instalando emesene y R Commander en openSUSE

, , , ...

Después de intentar un rato logré instalar emesene 1.6.3 de forma bastante sencilla en openSUSE 11.3, ya que en la pagina oficial no habia ningún paquete para esta distro.
Y como soy un cabro bueno, lo voy a dejar por si alguien lo necesita happy

Simplemente descargan este archivo y lo ejecutan, ¿simple no?
Ahora, me compliqué un poco más con el R Commander, una interfaz gráfica para el lenguaje R-project que me recomendó mi profe de estadística. Parece ser que deja un poco atrás a SPSS, así que de todas maneras corresponde darle una mirada... sobretodo porque es opensource.

La forma de instalarlo es simplemente compilando descargando este paquete ymp obtenido de la web de R-project http://cran.r-project.org/bin/linux/suse/.

Con esto tendrán instalado R-Project.

Para instalar su interfáz gráfica es necesario abrir una terminal y ejectuar

sudo R

dentro de R ejecutas

install.packages("Rcmdr", dependencies=TRUE)

Con esto comienzas a instalar R commander (Rcmdr). Primero te pedira eligir el país donde te encuentras para descargar los archivos de un servidor cercano, lo cual tomará bastantes minutos.

Así que mientras tanto anda por un café y a trabajar! up

Instalando red Broadcom BCM4312 en openSUSE 11.3

, , ,

Quizas comparto con muchos que apenas instalar openSUSE todo pareció andar bien, excepto por un extraño error de la tarjeta de red, típico. Lo extraño es que los drivers aparecen instalados, sin emabargo la tarjeta aún asi no arranca.
Leyendo y leyendo, parece ser que por problemas legales openSUSE no puede distribuir el firmware de Broadcom, y que además la solución es muy complicada, si es que la tiene.

La cosa es que lo solucioné super fácil, nada más ir a la página de openSUSE, buscar los drivers, descargarlos y voilá bigsmile

Y si no quieres buscar, pues descarga directamente el paquete ymp.

Luego, debes instalar desde YAST (instalación de paquetes) el paquete broadcom-wl. Claro que para hacerlo, primero debes agregar el repositorio de Packman a tu lista.


Los drivers también funcionan para la BCM3211, BCM3221 y BCM3222. Así que ahora estoy con todo mi hardware instalado en openSUSE 11.3 up

Riesgos de consumir agua fluorada

, ,

Con los aires de conspiración y espionaje que se sienten por estos días, sumado a una tarde relativamente libre de labores Universitarias, se me ocurrió escribir un post de algo que me toca discutir con cierta frecuencia; ¿es el agua fluorada segura para la salud?

Y es que algunos entendidos en la ciencia se han encargado de dejar en claro con contundentes argumentos, como es de esperar, que todos corremos serio riesgo cada vez que nos acercamos a una llave de agua potable.

Lo que no muchos conocen, es que existe una multitud de estudios provenientes de autores orientales en revistas de libre distribución. Ellos correlacionan una menor inteligencia (en IQ) de niños que habitan en zonas con agua potable fluorada vs niños que habitan en zonas sin fluoración del agua. También existen argumentos basados en estudios que nunca se publicaron.

Pero claro, todos estos estudios cuentan con el "pequeño" sesgo de haberse realizado en una región de China en que se han encontrado asociadas altas dosis de arsénico en el agua potable.doh Wang SX, Wang ZH, Cheng XT, et al. (2007)

En su contraparte, existen estudios mucho más serios y metodológicamente mejor realizados que buscan asociar el uso de Flúor en el agua potable a alguno de los daños frecuentemente mencionados. Las conclusiones son claras; no hay evidencia alguna para afirmar que hay una influencia del Flúor en el desarrollo de cáncer, osteoporosis o síndrome de Down. Solo se puede asociar a pequeñas manchas blancas que pueden aparecer en los dientes si se consume en exceso antes de los 5 años; la tan temida fluorosis dental.


Es más, una búsqueda que cualquier persona podria hacer en una base de datos científica puede ayudarnos a formar una opinión informada sobre la efectividad en la remineralización, reducción de caries y/o seguridad de los fluoruros. Les anticiparé el trabajo, son niveles muy altos.

Como sea, si quieren mayor información falsa acerca del riesgo en la fluoración del agua pueden perder su tiempo leer 50 poderosas razones, por cierto, muy mal fundamentadas p


Referencias:
V. C. Marinho, et al. (2004). `One topical fluoride (toothpastes, or mouthrinses, or gels, or varnishes) versus another for preventing dental caries in children and adolescents.'. Cochrane database of systematic reviews (Online) (1).

Tang Q-Q, Du J, Ma H-H, Jiang S-J, Zhou X-J. 2008. Fluoride and Children’s Intelligence: A Meta-analysis. Biol Trace Elem Res. 2008 Winter;126(1-3):115-20. Epub 2008 Aug 10.

Yeung C. A. 2008. `A systematic review of the efficacy and safety of fluoridation.'. Evidence-based dentistry 9(2):39-43.

Wang SX, Wang ZH, Cheng XT, et al. 2007. Arsenic and fluoride exposure in drinking water: children’s IQ and growth in Shanyin County, Shanxi Province, China. Environmental Health Perspectives115(4):643-647.

Whiting P., et al. (2001). `Association of Down's syndrome and water fluoride level: a systematic review of the evidence.'. BMC public health 1.


Diego Halabí

Cómo funciona el sistema informático de la UACH

Soy Diego y estudio Odontología en la Universidad Austral de Chile.

Desde hace un tiempo se me ha hecho bastante desagradable ingresar a la ya obsoleta plataforma donde se pude acceder a los documentos, notas, consultas a docentes y la opción más importante; el servicio de proxy para acceder a revistas y bases de datos electrónicas suscritas. Seguramente es predecible que haya problemas, porque lo primero que encuentras cuando intentas acceder es esto;

Apenas tratas de ingresar con Opera se llena de ventanas de advertencias sobre problemas de seguridad. El servicio de proxy derechamente no funciona con Opera, Firefox ni IExplorer (!).
En mi caso, como utilizo Ubuntu, instalé Konqueror y logré ingresar a las revistas, descargar los papers después de harto rato y muchísimos pasos (no excento de problemas).
Si utilizan Windows, recomiendo visitar Oldversion, descargar un navegador de hace un par de años e ingresar bajo su propio riesgo whistle

El primer post

Ahora que por fin me entusiasmé a desactivar definitivamente mi cuenta de facebook, ya puedo dejar de espiar la vida privada de los demás perder mi tiempo bigsmile .

Como no soy tan extremo, necesito reemplazar mi vicio con otro, tal vez un poco más productivo.

Así que me doy a mi mismo la bienvenida al mundo de los blogs

May 2013
M T W T F S S
April 2013June 2013
1 2 3 4 5
6 7 8 9 10 11 12
13 14 15 16 17 18 19
20 21 22 23 24 25 26
27 28 29 30 31