Java es un lenguaje de programación diseñado para permitir crear aplicaciones que puedan ser ejecutadas sobre cualquier sistema operativo (en realidad es bastante más que eso, pero no quiero aburrirlos), es por ésto que se utiliza desde hace mucho en la web.
Para correr java, la computadora (PC, Mac u otra arquitectura) necesita tener una Máquina Virtual Java (JVM para abreviar). Opera es entregado actualmente sin java.
Hay básicamente 2 formas de utilizar java en la web: del lado del cliente y/o del lado del servidor.

Java del lado del servidor (utilizando jsp) es totalmente invisible a los navegadores, por lo que no es necesario tener instalada la JVM y una falla allí no tiene nada que ver ni con el navegador ni con el usuario final.

Java del lado del cliente permite crear contenido complejo (chat, por ejemplo) en una página. Para ésto se debe tener una JVM, que es posible bajarla de http://java.com/es/ una vez instalado, opera lo detecta automáticamente al reinicio. En teoría un programa hecho en java debe correr exactamente igual en cualquier navegador, sistema operativo o arquitectura, sin embargo microsoft implementó un java "alterado" por ellos, lo que causa varios problemas (de hecho fué motivo de un juicio que le hizo Sun a Microsoft).

JavaScript no tiene absolutamente nada que ver con Java. La leyenda cuenta que cuando Netscape estaba creando un lenguaje para permitir contenido dinámico en html, vio que Java tenía mucho éxito y decidió ponerle un nombre similar para recibir publicidad de rebote. Si bien la sintaxis es similar entre ambos, les repito que no tienen nada que ver.

Javascript es un lenguaje de programación que permite agregar contenido dinámico al html de las páginas (es muy usado para crear menúes, por ejemplo), fue creado por Netscape hace mucho tiempo y luego adoptado por Internet Explorer bajo el nombre de JScript, además del cambio de nombre Microsoft decidió cambiarle algunas cosas al lenguaje (hasta el día de hoy no entiendo el porqué). Paralelamente Microsoft introdujo VBScript, que era como JScript pero con una sintaxis similar a la de Visual Basic, actualmente el único browser que lo soporta es Internet Explorer y se cree que nunca lo soportará otro navegador por sus serios problemas de seguridad y portabilidad.
Actualmente el estándar oficial de scripting en html es ECMAScript, que no sólo es utilizado en html, sino también en varios entornos como VRML y Flash (ActionScript 2 es una implementación de ECMAScript). Como ECMAScript es muy general (lo cual es bueno, porque le permite la flexibilidad para ser utilizado en una variedad de aplicaciones) necesita de una especificación para interactuar con HTML, ésta es DOM (actualmente en su segunda versión). No existen plugins para Javascript, y debe ser implementado por cada browser de forma nativa.

ActiveX (en esto seguro alguien me va a corregir, porque mi experiencia con ActiveX es casi nula) es la respuesta de Microsoft a Java. Sin embargo ActiveX sólo corre en windows, lo cual lo hace inadecuado para la web. Actualmente el único navegador que lo soporta es Internet Explorer y espero que se quede así para siempre (una aclaración aquí, existe un plugin que permite tener contenido ActiveX en Opera o Mozilla, si alguien tiene la url, por favor enviemela y lo agrego aquí). ActiveX genera muchos agujeros de seguridad y agrega inestabilididad a la PC. Muchos virus se aprovecharon de esos agujeros por mucho tiempo, y lo siguen haciendo con total impunidad.

Los plugins son pequeños programas que le añaden funcionalidad al browser, por lo general éstos plugins son creados por terceras partes que se encargan de su mantenamiento. Muy pocos browsers manejan plugins, por lo que los desarrolladores web deberían otorgar formas alternativas de navegación.
El plugin más conocido es el de flash, que permite al desarrollador web crear contenido impactante sin sacrificar mucha performance (de hecho todo lo que se hace en flash se podría hacer con Java, pero se requeriría de muy buenos programadores y las páginas se cargarían mucho más lentamente). Básicamente hay 2 plugins para instalar: el Flash player (de unos 700KB) permite acceder a las páginas hechas con flash y el Shockwave (de unos 4000KB) que además de permitir ver contenido flash, permite ver otras cosas raras, como Director. Opera trae incluido Flash Player (por lo menos hasta la línea de Opera 8, por hoy la intensión es que no venga incluido en la 9).
Otros plugins incluyen el de VRML, que vermite ver contenido tridimensional; adobe acrobat reader, que permite ver PDFs; MathML para ver fórmulas matemáticas, etc.
Los plugins tienen que comunicarse con el navegador de alguna forma, cada navegador tiene su "API", sin embargo Opera utiliza una API que simula ser la de Netscape 4 (cosa que me parece muy bien), entonces, en teoría, un plugin de netscape debería funcionar en Opera. En mi experiencia personal he encontrado algunos problemas aquí, por ejemplo en el plugin de cortona VRML, en el que funciona todo excepto la función en la que el plugin le pide al navegador la dirección del archivo a mostrar.

Identificarse como... es una característica que incorporó Opera para "engañar" a las páginas creadas sin saber de la existencia del browser, sin embargo Opera agrega al final su nombre, de forma que los programadores web que sí saben de su existencia puedan aprovechar sus características (además para que aparezca en las estadísticas de uso de navegadores). Opera 9 incorpora "Enmascarar como ..." que oculta completamente su identidad a un sitio específico (esta funcionalidad estaba desde antes, pero era sólo accesible editando el archivo UA.ini)

Nota personal con respecto a las páginas que no se ven bien en Opera
Cada vez que encuentro que una página se ve mal en opera y reviso el código encuentro que está mal programada, con varios errores, y como no existe un estándar para manejo de errores (lo cual sería absurdo, ya que existen infinitas formas de hacer algo mal), cada navegador intenta mostrarla como le parece, a veces lo hacen bien y otras mal. Otro tema que he encontrado mucho es que muchas páginas bloquean intencionalmente a Opera, esto no es enteramente culpa del programador web, sino que hay dando vueltas varios javascripts (como por ejemplo para hacer menúes) que identifican Opera y lo bloquean.

Cookie - Aporte de Immanis:

Fragmento de informacion enviado por un servidor Web. Los cookies pueden incluir informacion variada, desde logins y preferencias de usuario hasta las canastas de compra en linea. Tipicamente un navegador guarda esa informacion y se la envia de vuelta al sitio web especifico. El servidor web utiliza esa informacion para personalizar la informacion que se le envia al usuario o puede utilizar esa informacion para llevar un registro de las paginas que el usuario visita.

Puedes configurar cualquier navegador para que te acepte o no los cookies automaticamente (despues de todo nos gusta la privacidad, eso de estar registrando los lugares que uno visita...). Sin embargo, algunos sitios no te dejan entrar si los susodichos cookies no estan activados.

Cache - Aporte de Immanis:

Es un lugar donde se almacena algo mas o menos temporalmente. Por ejemplo, las paginas web que tu visitas se almacenan en el directorio de "cache" de tu navegador en tu disco duro. Eso hace mucho mas rapido el acceso, ya que que lleva menos tiempo leer esas paginas desde tu disco duro local que volverlas a descargar desde el sitio nuevamente. Como un efecto colateral siempre tienes guardado en tu maquina las ultimas paginas que has visitado, por lo que puedes acceder parcialmente a ellas aunque no estes en linea.

De igual forma y con el mismo proposito los ISP tambien "cachean" las paginas visitadas.

Este tipo de cache tambien se conoce como Archivos Temporales de Internet (principalmente en la jerga de MS)

popups - Aporte de Icelady (sé que no sigue el estilo de escritura del resto, pero esta definición me encantó, tuve que ponerla):

Las Pop ups son ventanas de publicidad o lo que sea que aparecen por encanto de los bits, sin permiso del navegante, es decir un atentado a la vista y a la intimidad, una imposición, una tiranía mediática.Y encima los hay que no se van ni rezando.
Estas ventanucas de tamaños variados y cada vez más intrusivas y más dificiles de erradicar de nuestras pantallas deberían estar prohibidas.Vaya que vas tu navegando, larala, larala, y de pronto te surge una ventana centelleante o parpadeante ante tus atónitos ojos, y tu te dices " y qué hace ésto aqui'" .El sonido onomatopéyico "pop" hace referencia a que hacen su aparición espontánea, como si hubiesen sido creadas ex nihilo.

E-Mail - Aporte de Immanis:

Correo Electronico. Mensajes, no necesariamente de texto enviados de una persona a otra(s) utilizando soporte digital.

WebMail - Aporte de Immanis:

Aplicacion web que permite a los usuarios registrados leer o enviar correo electronico utilizando un navegador de internet. Existen literalmente miles de webmails, aunque probablemente los mas conocidos sean el hotmail y el yahoo.

POP3 - Aporte de Immanis:

De las siglas "Post Office Protocol 3". Un protocolo que provee una forma estandarizada simple de acceder a las carpetas de correo de los usuarios y bajar los mensajes a sus computadoras.

SMTP - Aporte de Immanis:

De las siglas "Simple Mail Transfer Protocol". En español, protocolo simple de transferencia de correos. Es el protocolo mas utilizado para el envio de correos.

IMAP - Aporte de Immanis:

De las siglas "Internet Message Access Protocol". Es un protocolo estandard para acceder al correo electronico. A diferencia de POP, IMAP es un protocolo cliente\servidor en el cual el correo se recibe, almacena y administra en el servidor. Tipicamente tu bajas solo los encabezamientos de los correos y entonces decides cuales quieres leer, por lo que solo se baja el cuerpo de los correos que te interesen.

Este protocolo tiene la ventaja sobre POP que puedes acceder a tu correo desde cualquier maquina, ya que de todas formas tus mensajes siempre estan en el servidor.

Spam - Aporte de Immanis:

Correo basura o correo no solicitado que se envia a grandes cantidades de usuarios para promover determinados productos o servicios. No deben confundirse con las llamadas "cadenas", aunque las cadenas sean ciertamente una forma de spam.

Cadenas de Correos - Aporte de Immanis:

Probablemente sean las formas mas peligrosas de spam. Basicamente son unos correos que contienen determinado contenido que utiliza tecnicas mas o menos sutiles de ingenieria social y que promueven el reenvio de dicho mensaje a la mayor cantidad posible de usuarios. Las tecnicas varian mucho, desde "pobrecito nene se esta muriendo y necesita tu ayuda" o "te quiero mucho, demuestramelo haciendo que este mensaje vuelva a mi", hasta "fulanito de tal no envio este correo a nadie y la mujer lo boto, choco el carro y le cayo un piano en la cabeza" pasando por formas supuestamente mas benignas del tipo "nuevo virus detectado que te borra el disco duro!!! avisale a todos tus amigos o..."

Dichas cadenas de correo son un peligro y una molestia tanto para los usuarios como para los servidores. El envio indiscriminado de este tipo de mensajes produce cantidades masivas de correo que pueden atascar los servidores, pero el peor efecto es que publica TU direccion de correo, por lo que potenciales receptores de dichas cadenas pueden emplearlos en el envio de spam o te hacen mas vulnerable al ataque de virus que se propagan por el correo.

Una de las mejores características de Opera es su manejo de las hojas de estilo.

¿Que son?
A medida que fue avanzando la web resultó evidente que era necesario separar la estructura de la presentación en un documento html. Así es como se decidió que los documentos html contuvieran la estructura y el texto de una página mientras que los archivos css (hojas de estilo en cascada) especifican la forma de presentación (formatos de fuente, organización, colores, etc) de una página web. En realidad la explicación es mucho más compleja que eso, pueden buscar más información al respecto en http://www.westciv.com/style_master/academy/css_tutorial/, o si quieren ir a la fuente: http://www.w3.org/TR/REC-CSS2

¿Cómo las aprovecha Opera?
La forma más simple de la manipulación de hojas de estilo por parte de opera es el intercambio entre "author mode" y "user mode": El "author mode" es la presentación que le dió el autor de la página, y muchas veces nos encontramos con páginas ilegibles, recuerdo en mis inicios en internet, cuando buscaba galerías de imágenes de Dragon Ball, que era muy común que colocaran imágenes de fondo que eran casi del mismo color que la del texto con las listas de enlaces a las imágenes, lo que lo hacía ilegible (tenía que seleccionar el texto para saber qué decía).
Utilizando Ctrl + G es posible hacer en Opera que la página se vea en modo "simplificado", permitiendo ver todo el texto de manera limpia de estilos desagradables o incómodos, presionando de nuevo Ctrl + G se vuelve al modo normal.

Opera ha llevado ésto un paso más allá creando una serie de estilos alternativos (y permitiendo que agreguemos los nuestros!) para llenar ciertas necesidades. Éstos estilos se encuentran probablemente a la izquierda de la barra de dirección, si pasan por arriba verán un texto amarillo indicando "author mode" o "user mode", con un triángulo en su costado, si hacen click en el ícono pueden pasar al "User mode", y de ahí utilizar los modos alternativos (si no lo encuentran también está en el menú: "View > Style"), a continuación explicaré los que me parecen más interesantes:

Emulate text browser: ¿Alguna vez quisieron saber cómo ve la web un usuario de navegadores de sólo texto (muy comunes en linux)?, acá lo tienen!, ya sé que se ve feo, pero como desactiva las imágenes es posible navegar mucho más rápido.

Accessibility layout: Si tienen problemas de visión o se les cansa la vista pueden usar éste estilo, diseñado para reducir ésos problemas

Hide certain sized ellements (aggressive): Uno de los mejores, ignora a las imágenes de cierto tamaño: el de los banners!, por lo que limpia mucho la interfase y permite la descarga más rápida de las páginas. Esto y el bloqueador de popups son una exelente solución para los navegantes habituales

Show structural elements y Debug with outline: Son muy útiles para desarrolladores web, ya que muestran gran parte de la estructura de una página.

Hay muchos otros, ¡Pruebenlos!

¿Esto puede ser aún mejor?
Claro que sí!, notarán que los estilos alternativos sobreescriben completamente al estilo del autor. ¿Pero que pasa si yo quiero solamente que me oculte los banners pero que el resto de la presentación de la página siga igual?

Para lograr ésto hay que hacer lo siguiente:
- Ir a Preferencias
- Abrir Page styles (no sé que nombre tendrá en la versión en español)
- Ir a Configure modes
- En la columna de la izquierda (Author mode) seleccionar My style sheet
- Aceptar todo y listo! ahora pueden activar los estilos proporcionados por Opera sin tener que activar el "User mode".

Pueden agregar sus propios estilos en "Styles\user\" creando un archivo .css y registrándolo en el archivo OperaDef6.ini bajo la sección [Local CSS Files], vean como están hechos los predefinidos para una referencia (las rutas y nombres de archivos pueden variar de versión a versión)

Dame más
Hay otros 3 temas:

El primero es que es posible crear el archivo css por defecto, pudiendo hacerlo diferente al que viene con opera. En la versión 7.50 se cambia desde Preferences > Page style > My style sheet (no lo cambien si no saben programar en css)

El segundo es que los creadores de páginas web también pueden crear estilos alternativos para sus usuarios, que aparecerán al final, separados por una línea horizontal, pueden verlo funcionando en mi página: http://idam.ladei.com.ar.

Por último, aunque es algo que no está relacionado con las hojas de estilo, es posible deshabilitar las imágenes rápidamente utilizando la G. Ésto va rotando entre "Ocultar todas las imágenes", "Mostrar sólo las imágenes en caché" (las ya descargadas) y "Mostrar las imágenes".

Widgets - Aporte de Guille / cyborgzero:

Los widgets son pequeñas aplicaciones escritas en html que corren afuera del navegador sin cromo (o sea barra de titulo, menues o incluso fondo).

La idea es que internamente estas aplicaciones incluyan ajax, para mantener el flujo de datos al mínimo al igual que no requiera redibujo de toda la página.

Estas aplicaciones te permiten, por ejemplo, acceder a un reloj, calendario, al reporte del clima, a una tabla periodica, a un puzzle, a juegos y a muchas otras funciones que dependen de los widgets que tengas.

Si quieres probarlos tienes que usar opera 9 o superior y puedes encontrarlos en
http://my.opera.com/community/customize/widgets/

RSS - Aporte de Immanis
De las siglas en ingles Really Simple Sindication (Sindicacion Realmente Simple) o Rich Site Summary (Sumario de Sitio Enriquecido), es una familia de formatos XML que se utilizan para difundir informacion compacta sobre un sitio determinado, por lo general resumenes de noticias de todo tipo, entradas nuevas en un blog, etc.

Por lo general un usuario se suscribe a un sitio que ofrezca dicho servicio utilizando un lector de RSS que chequea regularmente el sitio en cuestion y notifica al usuario sobre cualquier contenido nuevo.

Opera trae su propio lector de RSS incorporado, por lo que tanto suscribirse como leer noticias es muy sencillo, solo tienes que hacer click en el boton anaranjado que aparece a la derecha de la barra de direcciones en sitios que soportan RSS y confirmar la suscripcion. Puedes encontrar las suscripciones en el menu de feeds (metodo ortopedico) o en el panel de correo (incluso cuando no uses el correo de Opera vale la pena crear una cuenta fantasma solo para poder ver comodamente las feeds en el panel de correo )

Newsfeed, o de manera abreviada feed - Aporte de Immanis

En el contexto de los RSS es un termino que se utiliza para referirse a una suscripcion de RSS especifica.