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http://aljazeera.com/ のサイトに、Operaはじきがありました。

完全Firefox偽装でも完全IE偽装でもすればalertは出ません。
ちょっと気になります。

http://www.aljazeera.com/templates/aljazeera/js/ajax_func.js

function GetXmlHttpObject(handler)
{
var objXmlHttp=null;
if (navigator.userAgent.indexOf("Opera")>=0)
{
alert("This code doesn't work in Opera") ;
return ;
}

if (navigator.userAgent.indexOf("MSIE")>=0)
{ 
var strName="Msxml2.XMLHTTP";
if (navigator.appVersion.indexOf("MSIE 5.5")>=0)
{
strName="Microsoft.XMLHTTP";
} 

Ajaxなコードが書かれているのでしょうが、本当に「（文字通り）動かない」のでしょうか？

どの部分がAjax対応かまで確認できないので（する知識がないので）、（UA偽装の状態で）実際に動いているのかどうかさえよくわかりませんが、問題なく動いているものならぜひalertを外してもらいたいところです。