Linux en la ciencia
Monday, 17. March 2008, 00:09:19
Una de las cosas que al inicio sorprende acerca de Linux es su amplia utilización en el mundo científico, como la NASA o el CERN.Bueno, después me dí cuenta que esto no debe sorprender, pues la ciencia y el software libre tienen mucho en común: en ambos hay un proceso de validación y comprobación de los hallazgos por parte de la comunidad, lo que exige que los resultados y hallazgos se publiquen.
Bueno, para todos los investigadores, hay algunas distros específicamente diseñadas, mientras que para quienes utilizamos Ubuntu tenemos algunos grupos de paquetes especiales con los programas necesarios para tareas específicas.
Así que acá va, una pequeña recopilación:
Distros Linux científicas
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Scientific Linux: esta es la distro oficial del Fermilab y del Cern, por lo que tiene herramientas específicas para la física de partículas. Basada en Red Hat.
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Fermi Linux: es una de las distros sobre la cual se construyó Scientific Linux, ahora parece estar discontinuada.
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Debian-Med
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Bio-Linux: basada en Debian,
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Quantian, como su nombre lo indica, esta hecha sobre Knoopix e incorpora paquetes de LaTex, R, Octave, Maxima y muchos más.
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DNALinux, basada en Xubuntu, tiene paquetes específicos para el estudio del DNA, como el Entrez NCBI Database Querying Tool.
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Bioknoppix, distro con herramientas específicas para el estudio genético.
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Bio-Linux , también enfocada al estudio genético, con herramientas como NCBI Blast y muchas más.
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SaluX, distro desarrollada en Argentina con una selección de paquetes específicos para instituciones hospitalarias.
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CD-Medic es una distro para PACS basada en ctn, dcmtk y msql, con admistración remota. Especial para quienes nos dedicamos a la radiología
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Odontolinux distro diseñada para la administración de consultas dentales.
Screenshoot de Bioknoopix
Paquetes para Ubuntu
Listado de alternativas libres de programas científicos
Lista de todas las aplicaciones científicas disponibles para Ubuntu aquí
Algunas áreas
Ubuntu tiene un grupo y lista de discusión específica para las herramientas científicas en MOTU SCIENCE a la que te puedes unir aquí. Este grupo tiene por objetivo, entre otros, el integrar algunas aplicaciones científicas como OpenClínica y Bibus en los repositorios de Ubuntu.
WIDGETIZE
Anonymous # 17. March 2008, 22:51
Excelente artículo, a veces olvidamos a las personas que ya le están sacando el jugo al software libre, hay que dejarle claro eso a los usuarios que recién se inician, cuando dominen GNU/Linux será la primera vez que le exprimirán el último recurso de su PC sin que exista un juego de por medio :P
No existe ningún científico de respeto que utilice una caja negra para obtener una solución y es por eso que la necesidad de tener la libertad de usar, estudiar, distribuir y mejorar sus herramientas sea tan vital.
Se me había olvidado revisar de nuevo la página de OpenFOAM, la verdad es que ese programa es un tanque, las ecuaciones de Navier-Stokes las que modelan una de las cosas más complejas de la naturaleza, el movimiento de los fluidos.
Para usarlo necesitas un MegaTarro y la verdad yo he tenido miedo incluso de bajarme las fuentes XD, además para mí son las aproximaciones y las simplificaciones las que hacen bellas a las soluciones de N-S, si tienes suerte hasta te puedes topar con una hermosa solución analítica a tu problema (y no una cochina simulación de millones de soluciones numéricas de métodos diferenciales XD )
Si pelé un poco el cable me avisan. jejeje
PD: Si en el futuro se topan con un paquete llamado python-hidra y le hacen un aptitude show, encontrarán el correo del tata, en soñar no hay engaño.
Sergio Uribe # 18. March 2008, 00:16
Anonymous # 22. March 2008, 20:18
NASA? CERN? No usan linux si no QNX, un primo hermano, Hijo del mismo padre *nix...
Podés leer mas acerca del tema simplemente buscando QNX en Google... Los últimos transbordadores, la estación espacial internacional, el nuevo prototipo de acelerador de electrones a estrenar este año en el CERN, que de paso es el mas grande del mundo, etc, etc, todo corre gracias a QNX, que es el UNICO (para enfatizar) sistema operativo de tiempo real que existe hasta el momento.
Saludos!
Sergio Uribe # 24. March 2008, 00:41
Anonymous # 5. May 2008, 19:02
Excelente lista de distros científicas, gracias por el esfuerzo de reunirlas!
De paso comento que en Herramientas generales buscaba algo que no logro encontrar y que tal vez sepáis de alguna aplicación que sirva para eso: busco una aplicación GRÁFICA semejante al Maletin de Windows, uno de los elementos que me impide la migración definitiva a nivel laboral; sé que hay diversas herramientas que generan repositorios y mantenimiento de directorios, y hasta sistemas completos (subversion, por ejemplo), he intentado buscar otras que hagan lo que el maletín, pero sólo encontré a través de consola. ¿sabéis de alguna aplicación gráfica que mantenga actualizados directorios o discos completos (pendrives, por ejemplo)comparando las versiones anteriores en ambas localizaciones?
Gracias anticipadas!
Silvio
Anonymous # 5. May 2008, 21:41
@Silvio: quizás esta aplicación te sea útil: Unison
http://www.cis.upenn.edu/~bcpierce/unison/
# Para instalar en Ubuntu
$ sudo aptitude install unison-gtk
Sergio Uribe # 6. May 2008, 01:49
$ sudo aptitude install grsync
Anonymous # 6. May 2008, 12:40
Gracias amigos!
Ya conocía Unison, pero el manejo es a través de texto, aunque sea en una ventana gráfica y aunque la interfaz también lo sea, una vez que entras los datos de origen y destino; no había probado el grsync que se parece más a lo que buscaba, puesto que te permite navegar entre directorios en una interfaz gráfica. Lo que no tiene, o yo no he sabido aplicar, es la sincronización automática, es decir, que sea el propio programa quien detecte en qué dirección se debe sincronizar cada archivo, ya que a veces ocurre que la información que traigo en el pendrive tiene modificados algunos archivos y en HD los modificados son otros, del mismo directorio...
En resumen: me puedo arreglar con el grsync, pero sigo buscando una aplicación más automatizada... ¿o es que esta aplicación sí que lo hace y yo no he sabido cómo indicárselo?
Otra vez ¡¡¡gracias!!!
Silvio
Anonymous # 22. April 2009, 04:53
Al comentario anónimo anterior: QNX es un UNIX POSIX que se usa en algunas aplicaciones de tiempo real en muchos dispositivos de NASA o CERN. GNU/Linux también es usado con igual propósito para muchos dispositivos, no quiero ser pesado, pero se puede ver buscando "real-time linux nasa", un ejemplo: http://www.linuxdevices.com/news/NS4892438264.html
Por otra parte: el uso científico de GNU/LINUX en NASA no pasa por usarlo en tiempo real, y como muestra se puede ver que el software de procesamiento de datos del Telescopio Espacial Hubble (STSDAS) corre en GNU/Linux y es en formato "open source".
Saludos