For those about to rock...

Así que aquí va:

Tomboy
Más que un organizador, es una libreta de notas con la funcionalidad de un wiki. Adicionalmente tiene una lista de tareas. Lo considero absolutamente indispensable, y es uno de los responsables que ya no pueda volver a Windows. Es más, no me imagino trabajando sin esto, ya que me ayuda a organizar la información de una manera como ninguna otra aplicación lo hace. La gran ventaja que tiene es que enlaza a otras notas.



Adicionalmente tiene una lista de tareas

• Etiquetas No
• Lista de tareas Si
• Wiki Si
• Buscador Si
• Corrector Si
• Calendario No
• Imagenes No

http://www.gnome.org/projects/tomboy/

incollector
Incollector es quizas el más interesante de todos. Es una aplicación que recolecta varios tipos de información, como notas, citas, logs de chats, direcciones de internet, etc.


Tiene las ventajas que tiene distintas categorias, permite el uso de etiquetas y se pueden agregar comentarios y calificaciones a las notas.


Aquí se ve una nota con los campos adicionales

• Etiquetas Si
• Lista de tareas No
• Wiki No
• Buscador Si
• Corrector No
• Calendario No
• Imagenes No

http://www.incollector.devnull.pl/

Zim
Zim es un wiki de escritorio, nada más y nada menos. Con toda la potencia y funcionalidad que eso significa. Es el preferido de tata, lo que ya de por si es un plus. Esto implica que lo puedes convertir en un apunte, libro, recetario, lista de tareas, etc, etc.
O sea, un wiki. Una alternativa, pero más complicada es MoinMoin Desktop Edition

• Etiquetas No
• Lista de tareas No (pero se puede hacer)
• Wiki No
• Buscador Si
• Corrector Si (con Aspell)
• Calendario Si
• Imagenes Si

Referencer
Esta aplicación, como su nombre lo dice, permite organizar una serie de documentos y generar un listado de referencias. Su uso esta orientado para organziar todos esos PDFs de artículos y generar un archivo de bibliografía BibTeX.
Para esto incluye
* Recuperación automática de metadatos
* Enlace automático
* Importación de BibTeX, Reference Manager y EndNote
* Etiquetas
Homepage: http://icculus.org/referencer/index.html

• Etiquetas No
• Lista de tareas No
• Wiki No (aunque enlaza URLs)
• Buscador Si
• Corrector No
• Calendario No
• Imagenes No

NoteCase
Notecase es un organizador enfocado a la organización de notas, las que organiza en un arbol jerárquico
La ventaja frente a los demás es que permite encriptar la información.

Homepage: http://notecase.sourceforge.net/

• Etiquetas No
• Lista de tareas No
• Wiki Si (aunque hay que hacerlo manual)
• Buscador Si
• Corrector No
• Calendario No
• Imagenes Si

Mi elección: Si te gusta lo simple, Tomboy es por lejos la mejor opción. Funciona como una libreta de apuntes, es rápido y enlaza automaticamente a otras páginas que tengas. El único problema que tiene es que le da a todo la misma importancia, así que si tienes que organizar, por ejemplo, material de estudio, quizas Zim sea la mejor opción.

Ahora, si quieres optar por una alternativa intermedia, incollector me sorprendió gratamente y permite organizar el material de manera más eficiente. Espero que agreguen la funcionalidad para insertar imágenes, corrector de ortografía y autoenlaces tipo wiki, pero es el que estoy utilizando ahora.